Компания отсчитывает свою историю с 5 марта 1994 года[6], когда её бывший владелец Сергей Галицкий основал компанию по торговле бытовой химией[7]. Первый магазин «Магнит» был открыт в 1998 году в Краснодаре. Розничная сеть быстро развивалась, достигнув к концу 2005 года 1500 магазинов. С 2006 года начато развитие сети гипермаркетов[7], в 2007 году открыт первый гипермаркет в Краснодаре. Расшифровывался бренд так: «МАГазин НИзких Тарифов». В конце декабря 2008 года сеть «Магнит» вошла в список компаний, которые имели право на государственную поддержку в период кризиса. В 2010 году компания начала развивать сеть магазинов «Магнит Косметик»[8]. В 2012 году компания создала собственную энергосбытовую компанию «МагнитЭнерго», которая, как планируется, будет обслуживать магазины сети[9]. В 2015 году «Магнит» входит в тройку крупнейших частных компаний России[источник не указан 35 дней]. В 2016 году «Магнит» обновил концепцию магазинов формата «у дома». Первая торговая точка в редизайне открылась в Краснодаре[источник не указан 35 дней]. В 2016 году «Магнит» стал одним из первых российских ритейлеров, который предоставил покупателям возможность оплачивать товар с помощью мобильных устройств Apple[источник не указан 35 дней]. В 2017 году «Магнит» открыл 16 000-й магазин[источник не указан 35 дней]. В 2017 году «Магнит» запустил новый формат «Магнит Аптека»[источник не указан 35 дней]. В 2017 году обновилась концепция магазинов формата «Магнита Семейный»[источник не указан 35 дней]. В 2017 году началось тестирование нового формата магазинов «Магнит-Опт»[источник не указан 35 дней]. В 2017 году «Магнит» открыл один из крупнейших в России грибных комплексов по выращиванию шампиньонов[источник не указан 35 дней]. В 2017 году «Магнит» в рейтинге 100 инновационных компаний мира по версии журнала Forbes[источник не указан 35 дней]. 16 февраля 2018 года на инвестфоруме в Сочи было подписано соглашение о покупке банком ВТБ 29,1 % акций компании у Сергея Галицкого за 138 млрд руб., который сохранил у себя 3 %. Сделка прошла без предложения о выкупе бумаг миноритарным акционерам, ибо это требуется при покупке более 30 % акций. В тот же день предприниматель покинул пост гендиректора, взамен совет директоров планировал утвердить на этот пост финансового директора Хачатура Помбухчана[10][11]. 22 июня 2018 года Ольга Наумова была назначена генеральным директором «Магнита»[12]. В начале июня 2018 года «Магнит» сообщил о начале переговоров с «СИА групп» о покупке фармдистрибьютора. В октябре того же года решение о приобретении было принято на заседании совета директоров компании. Отмечалось, что сумма сделки — не более 5,7 млрд рублей, будет выплачиваться в форме ценных бумаг «Магнита». Так же, по договору «СИА групп» обязуется не продавать акции «Магнита», в течение не менее чем 3-х лет после завершения сделки. Приобретение входило в стратегию по развитию бизнес-направлений «Магнит косметик» и «Аптеки»[13][14]. В июне 2018 года «Магнит» совместно с «Почтой России» начал продажи в тестовых точках на базе почтовых отделений в Москве, Краснодарском крае и Рязанской области